Se sabe que existían restos en Paniza de la época de los íberos.

• Siglos XII-XIII. Territorio de Realengo:

El territorio en el que está ubicado el pueblo fue Reconquistada a los musulmanes hacia el año 1127 por el rey Alfonso I el Batallador. No fue nombrado pueblo realmente hasta 1294.

• Siglo XIV. Señorío del linaje de los Urrea:

El Rey Pedro IV de Aragón tuvo que vender el pueblo junto a Aladrén, Luco de Huerva y Alcañicejo (estos dos últimos ya desaparecidos) a los Jiménez de Urrea, una poderosa e influyente familia aragonesa, para conseguir dinero debido a los grandes gastos que tenía la Corona en esos momentos. En 1348, Juan Jiménez de Urrea, participó en la batalla de Épila luchando en contra del rey Pedro IV, lo que provocó que le desposeyera de Paniza y las demás propiedades. Las vendió a la Comunidad de aldeas de Daroca con la posibilidad de retroventa. El rey hará uso de este derecho en 1357 cediendo Paniza a don Alvar García de Albornoz. En 1372 Pedro IV desposeyó de Paniza a Alvar García de Albornoz concediéndosela a Gonzalo González de Lucio y a su mujer Violante de Urrea.

• Siglo XV. Paniza en la Comunidad de aldeas de Daroca:

En 1439 Paniza podía considerarse como una aldea más de la Comunidad con todos los derechos y deberes de los demás miembros. Paniza llegó a ser una de las aldeas más importantes de la Comunidad tanto en el número de habitantes como por a actividad económica.

• Siglo XVI:

En la Guerra de la Independencia luchó Ramón Gayán y Díaz (1772-1846). Organizó el batallón de “Escopeteros y Tiradores de Cariñena”. Además de esto Paniza fue escenario de la Guerra de la Independencia, así en 1809, el mariscal Suchet destruyó el Santuario de la Virgen del Águila donde se mantenía fuerte Ramón Gayán. A partir de 1817 los vecinos de Paniza comenzaron a reedificar el santuario, ampliándolo con cinco capillas y casas para el santero y para los peregrinos. El nuevo santuario fue inaugurado en 1824.

En 1833 se creó el sistema provincial que permitió la creación de un ayuntamiento. Integrado en el Partido judicial de Daroca, pasó al de Cariñena en 1911 y en 1965 quedó incorporado de nuevo al Partido judicial de Daroca.

Desde el punto de vista demográfico, la población de Paniza creció durante los siglos XVIII y XIX, contando con 311 vecinos en 1797 y 1086 habitantes en 1857. Durante el siglo XX se produjo una regresión demográfica pasando de 1286 habitantes en 1950 a 952 habitantes en 1970 y a 802 en 1981.